На Марсе в 2080 году, через пять лет после событий Red Faction, нанотехнологии, разработанные Акселем Чапеком, главным ученым Ultor Corporation до ее падения, были заявлены силами защиты Земли (EDF). С помощью этой технологии EDF начинает реорганизацию Ultor Corporation, уделяя особое внимание усовершенствованным суперсолдатам и подходящему вооружению. Однако исследования, которые проводил Чапек в его лабораториях, впоследствии были украдены другими группами боевиков и различными террористическими организациями. Это продолжалось годами; исследования много раз переходили из рук в руки в преступном мире. Игрок знакомится с их ролью эксперта по взрывчатым веществам (под кодовым названием «Псевдоним»), когда он отправляется в специальную миссию по захвату исследовательских данных для Республики Содружества.
В конце концов, об исследовании успешно заявили элитные силы Виктора Сопота, канцлера антиутопического военного государства, известного как Содружество. Сопот использует нанотехнологию для усиления своих и без того грозных вооруженных сил и успешно создает первых суперсолдат с данными исследований. Однако, опасаясь потенциала своих новых суперсолдатов, он приказывает выследить, казнить и заменить их гораздо менее умными, мутировавшими ужасами, известными как «Обработанные». Коллективно преданный своим лидером, отряд игрока бежит под землю и вступает в союз с Красной фракцией в качестве наемников. Красная Фракция на данном этапе истории - это организованное движение сопротивления, которое категорически выступает против правления Сопота и искаженных политических принципов Содружества. В конечном итоге отряд преследует Сопот и нейтрализует всю оппозицию на своем пути, поскольку Красная фракция выводит конфликт на улицы в совместном восстании против правления Содружества. На начальных этапах игры Красная фракция и отряд взаимно поддерживают друг друга, преодолевая общие цели, такие как саботаж пропагандистских установок. Восстание завершается успешным захватом Сопота в его ракетной шахте и его казнью.
Псевдоним возвращается на импровизированную базу операций только для того, чтобы обнаружить, что все присутствующие члены сопротивления Красной фракции были жестоко убиты. Командир отряда, Молов, отмечает, что с мертвым Сопотом и с нанотехнологическими исследованиями в его распоряжении вооруженные силы Содружества добровольно присягнули ему. Он объявляет Алиаса и Танжера, товарища по отряду, врагами государства за поддержку Красной фракции. Танжер помогает Алиасу сбежать, и вскоре после того, как он бежит в безопасное место, Алиас оказывает помощь выжившим членам Красной фракции, которые защищаются от врага. Алиас и Эхо, еще один член отряда, встречаются в секретном месте, чтобы обсудить альтернативную стратегию остановки Молова, и Эхо погибает в бою во время перестрелки с Квиллом, бывшим членом отряда. Вскоре после этого Танжер передает «Псевдоним», и они соглашаются закрыть реквизированную нанотехнологическую лабораторию Молова, расположенную внутри колоссальной статуи Сопота. Внутри лаборатории Алиас одерживает победу над Рептой, бывшим членом отряда, и уничтожает генераторы энергии в нанотехнологической лаборатории. Взрывчатка Алиаса ослабляет фундамент статуи и делает ее нестабильной. Алиас снова встречает Репту и снова одерживает победу над ним, в результате чего энергетическое поле внутри Репты достигает критической массы.
Псевдоним и Танжер встречаются и преследуют Молова, который масштабирует статую Сопота с помощью нанотехнологической ячейки - кульминация исследований Чапека - и ожидает извлечения у Шрайка, подчиненного Молова. Шрайк предает своего командира, и Танжеру удается вернуть нанотехнологическую ячейку из владения Молова. Молов, отчаянно пытаясь уничтожить своих врагов, забирается на ближайшую боевую броню и начинает яростную атаку на Алиаса. Используя разрушаемую среду в своих интересах, Алиасу удается уклониться от огня Молова и начать контратаку, которая не только убивает Молова, но и разрушает статую. Когда статуя рушится, Шрайк налетает на своем корабле непосредственной поддержки с воздуха, чтобы извлечь Псевдонима. С этого момента история заканчивается одним из четырех возможных способов, в зависимости от очков героических способностей игрока.
