Через год после Ninja Gaiden Black мастер-кузнец Мурамаса открывает магазин в Токио, Япония. Агент ЦРУ по имени Соня входит в место и спрашивает о местонахождении Рю Хаябусы, пока члены клана ниндзя Черного паука не нападают на магазин и не похищают ее. Войдите в Дракона Ниндзя Рю, который не может остановить похищение Сони, спешит вокруг небоскребов Токио и спасает агента, который сообщает ему о нападении на деревню Хаябуса ниндзя Черного Паука, которые хотят украсть Статую Демона, которой они владеют, и защищать.
Рю возвращается в свой дом и находит своего отца, Джо Хаябуса, на дуэли с Геншином, лидером клана ниндзя Черного паука. К сожалению, Статуя Демона забирается Королевой Великих Извергов и Правителем Крови Элизабет, и Джо призывает своего сына любой ценой вернуть статую. Рю путешествует по миру с Соней, преследуя Элизабет и Статую Демона, встречая легионы Черных Паучьих Ниндзя, Извергов и трех других Великих Демонов: Алексея, Изящного Правителя Молнии; Вольф, непобедимый властитель бурь; и Зедоний, злобный властитель пламени.
Рю отслеживает Элизабет до Южной Америки, где она предлагает Статую Демона адскому верховному жрецу Дагре Дай, чтобы воскресить древнего архидьявола Вазду. Элизабет сражается с Рю, и он побеждает ее, но Элизабет объявляет о своем возвращении. Глядя на него, Геншин объясняет, что злодеи хотят воскресить Архидозона, который должен появиться с горы Фудзи в Японии. Гора также является местом, которое связывает как Клан Черного Паука, так и Линию Дракона. Рю возвращается домой, предупреждая Соню, чтобы она не следовала за ним.
Когда Рю выходит на наполненную пламенем гору Фудзи, Аянэ входит с Глазом Дракона, подарком Джо Хаябусы, и Рю надевает реликвию на свой Меч Дракона, снова образуя Меч Истинного Дракона. Направляясь на вершину горы, Рю находит Геншина, ожидающего его у входа в кратер. Когда извергается гора Фудзи, Геншин раскрывает Рю, что его никогда не волновали «истерики архидьявола», и что их момент наконец-то настал. Два ниндзя сражаются насмерть, прежде чем Геншин падает замертво, а Рю прыгает на гору Фудзи. Элизабет появляется над умершим Гэнсином, пытаясь оживить его как демона, когда Рю спускается на гору Фудзи.
Рю сражается с прошлыми полчищами демонов, в одиночку побеждает Зедониуса, Вольфа и Алексея и спасает захваченную Соню. Он велит ей оставаться на месте и не двигаться. Рю направляется в другую комнату и находит воскресшего Геншина, превращенного в Дьявола, который возвращается для четвертой и последней битвы. Сражение двух ниндзя в другой тяжелой битве, закончившейся тем, что Рю в конечном итоге зарубил Гэнсина, даже расколов его лицевую броню. Геншин и Рю, хотя и смертельные противники, разделяют последнее взаимное уважение как ниндзя в момент его смерти. Геншин делится с Рю, что все его действия были направлены на укрепление клана Черного Паука в целом (его дело с самого начала), и не жалеет о том, что продолжил. Он признает Рю великим воином и в поддержку дела Рю вручает ему проклятый клинок архидьявола для использования перед смертью. Появляется разъяренная Элизабет и наказывает Ниндзя Черного Паука за проигрыш, даже несмотря на его силу. Рю нападает на Элизабет и сердито рассекает ее до красной пыли комбинацией своего собственного драконьего меча и клинка архидьявола Геншина. Он заявляет, что сюзерену нужно было жить больше, чем когда-либо.
Путешествуя глубже в Подземный мир, Рю сталкивается с Дагра Даем, который почти закончил воскрешение Архидемона, и побеждает его. В крайнем случае, Адский Первосвященник предлагает свою жизнь Вазде, и Архидемон возрождается. Рю побеждает чудовище и направляется на поверхность вместе с Соней, но капля его крови из открытой раны случайно проливается на демона и оживляет Вазду, который поднимается на вершину в своей истинной форме. Среди извергающейся горы Фудзи Рю вступает в схватку с Архидьяволом в климатической дуэли, чтобы решить судьбу человечества и победить. Соня и Рю воссоединяются и поднимаются на вершину горы, вместе разделяя восход солнца.
В сцене после титров, среди поля с бесчисленным количеством лезвий, врезанных в землю, Рю всаживает в землю Клинок Архидзона Геншина и кланяется в знак уважения к Повелителю Черного Паука. Дракон-ниндзя бросает последний взгляд перед тем, как улететь в туман. История Рю Хаябусы продолжается в Ninja Gaiden 3.
