После того, как многие криминальные события перешли в небольшой городок Хантсвилл в Алабаме, вы, детектив, берете на себя роль будущего «главного детектива», чтобы раскрыть серию преступлений и обнаружить большого босса, стоящего за преступной организацией STAIN". На каждом уровне игрок должен найти все подсказки в списке и открыть S. T. A. I. N. злодеи за преступлениями. В последней части игры вы обнаружите Биг Босса S. T. A. I. N. Гертруду Гудлиттл, старушку, которая управляет S. T. A. I. N. После того, как вы поймаете Гертруду, вы получите звание «Мастер-детектив» и продолжите свою исследовательскую карьеру в следующей игре, Mystery Case Files: Prime Suspects.
