За тысячи лет до начала первой игры Шиннок, один из Старших Богов, контролирующих шесть миров вселенной Mortal Kombat, попытался победить их всех. Бог грома Райден сражался и победил Шиннока в войне, которая длилась сотни лет, отправив его в Нижнее царство, где он оказался в ловушке навсегда. Теперь Шиннок сумел сбежать из Пустоты с помощью колдуна Куан Чи и хочет отомстить старшим богам, изгнавшим его. В своем плане он сначала завоевывает царство Эдении с помощью предательницы Тани, в то время как он готовится атаковать Старших Богов. Чтобы остановить угрозу Шиннока, Райден просит помощи у воинов Земного Царства, которые спасли царства от Императора Шао Кана в предыдущих титулах.
