Действие игры происходит в 2171 году, через 50 лет после событий Front Mission 5: Scars of the War. В 22 веке мировые сверхдержавы стремятся к расширению космоса и начали строить большие сооружения, называемые орбитальными лифтами. С ростом числа спутников наблюдения и разработок космических технологий, наступает атмосфера в стиле холодной войны, поскольку наднациональные профсоюзы использовали эти технологии для наблюдения за своими противниками на Земле.
Сюжет Front Mission Evolved вращается вокруг инженера USN Дилана Рэмси. Как инженер компании-разработчика оружия Diable Avionics, Дилан начинает испытания прототипа ванзера на Лонг-Айленде, штат Нью-Йорк. В разгар испытания Ванцера неизвестные силы начинают атаковать Нью-Йорк и его орбитальный лифт Персиваль. Обеспокоенный безопасностью своего отца в городе, он отправляется в Нью-Йорк на прототипе. Путешествуя по городу, чтобы добраться до Национальной лаборатории стратегических исследований (NSRL), Рэмси помогает силам USN в борьбе с неизвестными нападавшими. Пройдя через многочисленные вражеские ванзеры, машины и самолеты, Дилан добирается до помещения NSRL в тот момент, когда в здание запускаются ракеты. Поскольку его отец, казалось бы, мертв, он вступает в бой с нападавшим, Маркусом Селигманом из Колесницы Аполлона. Битва прерывается, когда орбитальный лифт начинает рушиться над Нью-Йорком. После того, как Персиваль терпит поражение, Дилана вербуют в армию USN, поскольку она готовится к войне против Союза кооперативов Океании.
