Earthworm Jim 2 рассказывает о подвигах супергероя кольчатых червей Джима и его нового друга Снотта, которые пытаются спасти любимую принцессу Джима Как-ее-зовут от принудительного брака с гнусным Псих-Вороном. Преследуя Психо-Ворона по вселенной, Джим натыкается на летние дома нескольких злодеев из первой игры, включая Major Mucus, Evil the Cat и Bob the Killer Goldfish.
Как и в оригинальной игре, Earthworm Jim 2 содержит много непочтительного сюрреалистического юмора. Он также отличается более разнообразным игровым процессом, чем оригинал, где каждый этап имеет уникальный стиль и миссию, часто с разнообразным игровым процессом и целями, которые нужно выполнять от этапа к этапу, а также различным новым оружием, которое можно получить и использовать.
В дополнение к плазменному бластеру есть дополнительное оружие, такое как трехпалый пистолет, электро-пистолет, самонаводящиеся ракеты, чрезвычайно мощный бластер Barn и довольно бесполезный Bubble Gun. Снотт возвращается из своих камео в первой игре и теперь является постоянным спутником Джима, прячась в рюкзаке Супер-костюма Джима. Снотта можно использовать, чтобы прилипнуть к другим скользким зеленым поверхностям и качаться на них, или как парашют при прыжках.