В событиях первой игры Алиса Лидделл, считая себя виноватой в пожаре, который поглотил ее дом и ее семью, сбегает в извращенную версию Страны Чудес. Находясь на лечении в лечебнице Ратледжа, Алиса смогла преодолеть свои сомнения и в конце концов была освобождена из отделения. Действие Madness Returns происходит в 1875 году, через год после освобождения Алисы. Алиса, которой сейчас 19 лет, [6] живет в приюте в викторианском Лондоне под присмотром доктора Ангуса Бамби, психиатра, который использует гипноз, чтобы помочь своим детям-пациентам забыть свои воспоминания. Хотя она считает, что с ней все в порядке, Алиса все еще страдает галлюцинациями о стране чудес.
Во время поручения Алиса попадает в галлюцинацию и считает, что снова находится в Стране чудес. Хотя изначально мирная земля была идиллической, мирная земля быстро разрушается Адским поездом, который бушует по ней, оставляя после себя Руины, силу, которая пытается остановить Алису. Алиса встречается с Чеширским котом, который утверждает, что причиной порчи является не Алиса, а какая-то внешняя сила, и убеждает ее искать бывших друзей и врагов, чтобы обнаружить источник Поезда. На протяжении остальной части игры Алиса ненадолго возвращается к реальности между эпизодами, происходящими в Стране чудес. В реальном мире Алиса узнает от семейного адвоката, что ее сестра Элизабет (по прозвищу «Лиззи») первой погибла в огне, несмотря на то, что находилась дальше всего от его источника, и была заперта в своей комнате.
В оскверненной Стране Чудес Алиса пытается узнать больше от различных граждан Страны Чудес, включая Герцогиню, Безумного Шляпника, Якобы Черепаху, Моржа и Плотника и Гусеницу. В конечном итоге ей говорят, что Королева Червей все еще жива, несмотря на свое поражение от рук Алисы, хотя и в меньшей степени. В замке Королевы Алиса обнаруживает истинную форму Королевы, которая напоминает ее более молодую личность. Королева показывает, что сущность по имени Кукольник захватила Адский Поезд и развращает Страну Чудес.
Вернувшись в Лондон, Алиса начинает вспоминать свои воспоминания о ночи пожара и понимает, что доктор Бамби был там. Он несет ответственность за смерть ее сестры и всей ее семьи. Она приходит к выводу, что доктор Бамби пытается стереть воспоминания о пожаре из ее разума и, как он это делал с другими детьми, пытается оставить ее как «пустую игрушку», которую должны забрать жестокие хозяева и растлители малолетних. по цене. Разъяренная Алиса сталкивается с доктором Бамби в реальном мире на станции Моргейт и двойником доктора Бамби из Страны чудес, Кукольником, в своей фантазии на Адском поезде. Доктор Бамби признается в своих преступлениях и даже свидетельствует о поджоге дома Алисы после того, как Лиззи отказалась от его ухаживания, удалив всех свидетелей того, что он изнасиловал ее той ночью. Он указывает, что, уничтожив ее Страну Чудес, он заставит ее забыть события той ночи, в то время как он останется членом высшего общества. Алиса побеждает Кукольника в Стране Чудес, давая ей силы в реальном мире и в ее разуме, чтобы подтолкнуть доктора Бамби на путь приближающегося поезда, убив его.
Когда Алиса покидает станцию, она оказывается в гибридном видении Лондона, смешанного со страной чудес, Лондерлендом. Алиса блуждает по неизвестной местности, пока Чеширский кот монологи говорит о том, что Алиса нашла истину, которая «стоила того, чтобы бороться за нее», а Страна Чудес, хотя и повреждена, пока что безопасна.
